Gracias por la respuesta aas, lo he probado pero esa no es la solución. Te explico, hay un tutorial en la web de los creadores del template
www.joomlacssguide.com, en el cual explican como averigurar que estilo css lleva cualquier menú. Yo por ejemplo en mi plantilla le he aplicado este estilo, que lo saqué del archivo css que trae la plantilla: #searchSection{float:left;width:245px;height:45px; background-image:url(../images/searchBG.gif);background-repeat:no-repeat;margin-top:5px;}, y lo pegué en el parámetro Estilo CSS para el módulo Buscar, con esto el módulo adquiere el estilo deseado. Pero he hecho lo mismo con el Menú Principal y de momento no me ha funcionado, debido a mi pésimo nivel de inglés y sobre todo al escaso tiempo que tengo, no he podido solucionar el problema. Aunque voy a postear un tema en el foro de los creadores del template y seguramente me contestarán.
En cuanto a lo que dices de que formulé mal la pregunta, tienes toda la razón, después de buscar y buscar sobre el tema, me dí cuenta que no me expliqué bien en el post y por eso nadie me contestaba.
Gracias a ti también orutraster, por tu aporte.
Desde que encuentre la solución la posteo aquí, si alguién ya lo sabe porfavor que haga lo mismo.