con que programa estas subiendo?
yo subia con smartftp y tenia problemas porque no subia todos los archivos
despues probe con filezilla y funciono bien, sube todos los archivos.
aqui dejo el link de filezilla
http://filezilla-project.org/
si estas seguro de que subiste todos los archivos, nose que mas decir
solo se me ocurre que algunos arhivos no tienes los permisos CHMOD para escribir.
de echo yo cuando instale joomla tambien el autentification save etaba en rojo
eso :/
nose mucho pero algo se puede hacer porque no creo que sea problema de tu host
o por ultimo ellos igual pueden darte asistencia , deberia hablar con alguno de sus tecnicos para que vea que pasa